Các biện pháp đối phó chống lại các tên lửa chống hạm gồm:

• Tên lửa phòng không (như Sea Sparrow, SA-N-6 Grumble, SA-N-9 Gauntlet, RAM, Standard hay Sea Wolf)
• Hệ thống vũ khí phòng thủ tầm gần (CIWS), thực chất là các loại Pháo phòng không có tốc độ bắn nhanh như Mk-45 hay AK-130.
• Các hệ thống làm nhiễu (như SLQ-32)
• Hệ thống phóng mồi bẫy.

Các tàu chiến hiện đại đều được trang bị một hoặc nhiều hệ thống đối phó với tên lửa chống hạm. Để đáp trả, tên lửa chống hạm hiện đại cũng ngày càng có tầm bắn xa hơn, tốc độ nhanh hơn và sử dụng hệ thống tìm kiếm mục tiêu tinh vi hơn. Ngoài ra, khi tấn công thì người ta thường phóng nhiều tên lửa chống hạm cùng lúc để nâng cao xác suất tiêu diệt tàu địch.